Instituto de Investigaciones Económicas y Sociales (IIES)
Instituto Hondureño de Ciencias de la Tierra (IHCIT)
Instituto de Investigaciones Microbiológicas (IIM)
Instituto de Investigación Jurídica
Instituto Universitario en Democracia, Paz y Seguridad (IUDPAS)
Instituto de Arqueoastronomia y Patrimonio Cultural y Natural
Instituto de Investigación en Ciencias de la Salud
Instituto de Investigaciones Sociales (IIS)